এ ঘটনার সাত মাস পর তার সহযোদ্ধা মো. শরিফ মিয়া বাদী হয়ে শুক্রবার ভালুকা মডেল থানায় শেখ হাসিনাকে প্রধান আসামি করে ও ওবায়দুল কাদেরসহ ২৪৫ জনের নাম উল্লেখ করে অজ্ঞাতনামা ১৫০ জনের বিরুদ্ধে হত্যা মামলা করেছেন।

প্রত্যক্ষদর্শী নিহত তোফাজ্জলের বন্ধু মামুন ও স্থানীয় একাধিক সূত্রে জানা যায়, ৪ আগস্ট সন্ধ্যায় বৈষম্যবিরোধী ছাত্র-জনতার আনন্দোলনের অংশ হিসেবে গাজীপুরের শ্রীপুর উপজেলার সীমান্তবর্তী জৈনাবাজার থেকে একটি মিছিল মাস্টারবাড়ী এলাকায় আসে। এ সময় ক্ষমতাসীন আওয়ামী লীগের লোকজন মিছিলটি প্রতিহত করার লক্ষ্যে লাঠিসোটা নিয়ে ওই মিছিলের ওপর হামলা চালায়। এতে মিছিলটি ছত্রভঙ্গ হয়ে যায়। এ সময় রাজমিস্ত্রি তোফাজ্জল হোসেনকে মিছিল থেকে ধরে কুপিয়ে ও পিটিয়ে আহত করে। পরে স্থানীয়রা আহত তোফাজ্জলকে আশঙ্কাজনক অবস্থায় উদ্ধার করে প্রথমে মাস্টারবাড়ী এলাকায় অবস্থিত পপুলার ক্লিনিকে নিয়ে যান; কিন্তু সেখানে ডাক্তার তাকে চিকিৎসা না দিলে পরবর্তীতে গাজীপুরের শ্রীপুর সরকারি হাসপাতালে নিয়ে যাওয়া হলে কর্তব্যরত চিকিৎসক তোফাজ্জলকে মৃত ঘোষণা করেন।

পরে হাসপাতাল কর্তৃপক্ষ লাশটি শ্রীপুর থানার এসআই ওয়াহিদুজ্জামানের কাছে হস্তান্তর করেন। গত ৫ আগস্ট পুলিশ ময়নাতদন্ত শেষে পরিবারের কাছে লাশটি হস্থান্তর করলে ৬ আগস্ট সকাল সাড়ে ৯টায় তোফাজ্জলের গ্রামের বাড়িতে পারিবারিক কবরস্থানে দাফন করা হয়।

ভালুকা মডেল থানার ওসি শামছুল হুদা খান জানান, তোফাজ্জল হত্যার ঘটনায় ২৪৫ জনের নাম উল্লেখ করে ও ১৫০ জন অজ্ঞাত ব্যক্তির নামে তোফাজ্জলের সহযোদ্ধা মো. শরিফ মিয়া নামে এক ব্যক্তি হত্যা মামলা করেন।